過了一年，陳子龍又秘密策動清朝的松江提督吳勝兆反清，這次兵變不幸又失敗了，吳勝兆被殺害，陳子龍也被清軍逮捕。陳子龍不愿受辱，在被押解到南京的船上，掙脫繩索，跳河自殺。

　　夏完淳正在為失去他的老師而悲痛，因為叛徒告密，他自己也被捕了。清軍派重兵把他押到南京。

　　夏完淳在監獄里被關押了八十天。他給他親友寫了許多可歌可泣的詩篇和書信。死亡的威脅并沒有使他恐懼，他感到傷心的就是沒有實現他保衛民族、恢復中原的壯志。

　　對夏完淳的審訊開始了，主持審訊的正是招撫江南的洪承疇。洪承疇知道夏完淳是江南出名的“神童”，想用軟化的手段使夏完淳屈服。他問夏完淳說：“聽說你給魯王寫過奏章，有這事嗎？”

　　夏完淳昂著頭回答：“正是我的手筆。”

　　洪承疇裝出一副溫和的神氣說：“我看你小小年紀，未必會起兵造反，想必是受人指使。只要你肯回頭歸順大清，我給你官做。”

　　夏完淳假裝不知道上面坐的是洪承疇，厲聲說：“我聽說我朝有個洪亨九（洪承疇的字）先生，是個豪杰人物，當年松山一戰，他以身殉國，震驚中外。我欽佩他的忠烈。我年紀雖然小，但是殺身報國，怎能落在他的后面。”

　　這番話把洪承疇說得啼笑皆非，滿頭是汗。旁邊的兵士以為夏完淳真的不認識洪承疇，提醒他說：“別胡說，上面坐的就是洪大人。”

　　夏完淳“呸”了一聲說：“洪先生為國犧牲，天下人誰不知道。崇禎帝曾經親自設祭，滿朝官員為他痛哭哀悼。你們這些叛徒，怎敢冒充先烈，污辱忠魂！”

　　說完，他指著洪承疇罵個不停。洪承疇被罵得臉色像死灰一樣，不敢再審問下去，一拍驚堂木，喝令兵士把夏完淳拉出去。

　　公元１６４７年九月，這位年才十七歲的少年英雄在南京西市被害。他的朋友把他的尸體運回松江，葬在他父親的墓旁。到現在，在松江城西，還留著夏允彝。夏完淳英雄父子的合墓。