當時，黃河年久失修，河水常常泛濫，大批農田被淹，影響農業和運輸。張居正任命專治水利的潘季馴督修黃河水利工程。潘季馴修筑堤防，堵塞決口，使黃河不再泛濫，運輸通暢，農業生產得到恢復和發展。

　　原來，由于朝政腐敗，大地主兼并土地，逃避稅收，一些豪強地主越來越富，國庫卻越來越窮。張居正下令丈量土地，經過清查，查出了一批被皇親國戚、豪強地主隱瞞的土地，這一來，使一些豪強地主受到了抑制，國家的收入也增加了。

　　在丈量土地之后，張居正又把當時各種名目的賦稅和勞役合并起來，折合銀兩征收，稱為“一條鞭法”。經過這種稅收改革，防止了一些官吏的營私舞弊，增加了國家的收入，也多少減輕一點農民的負擔。

　　張居正花了十年努力，進行了大膽的改革，使十分腐敗的明朝政治有了轉機。國家的糧倉存糧充足，足夠支用十年。但是這些改革自然觸犯了一些豪門貴族的利益。他們表面不得不服從，背地里對張居正恨之入骨。

　　在張居正執政的第五年，他的年老的父親死在江陵老家，按照封建的禮法，他必須離職守孝三年。但是張居正怕他一離開，正在進行的改革受到影響。在明神宗和一些大臣的挽留下，他讓他兒子奔喪，自己留在京城任職。這一來，就有不少人抓住張居正父死不奔喪的事，大做文章，紛紛向明神宗上書彈劾，有人甚至在大街揭貼告白攻擊張居正，鬧得滿城風雨。后來，明神宗不得不下令，再反對張居正留任的一律處死，攻擊才平息下來。

　　張居正的權實在太集中了，明神宗漸漸長大起來，反而閑得沒事干，就有一批親近的太監在內宮用各種辦法給他取樂。有一次，神宗喝醉了酒，無緣無故把兩個小太監打得半死。這件事讓太后知道了，馬上把明神宗找來，狠狠地責備一頓，還叫左右拿《漢書·霍光傳》叫神宗讀。西漢霍光輔政的時候，不是有個昌邑王劉賀即位后，被太后和霍光廢掉皇位嗎？現在的張居正的地位就像當年的霍光一樣，神宗想到這里，嚇得渾身哆嗦，跪在太后面前求饒。

　　后來，張居正作主，把一些引誘神宗胡鬧的太監全部趕走，太后還讓張居正代神宗起草了罪己詔（皇帝責備自己的詔書）。這件事雖然過去了，但是明神宗對張居正，已經從懼怕發展到懷恨了。

　　公元１５８２年，張居正病死。明神宗親自執政。原來對張居正不滿的大臣紛紛攻擊張居正專橫跋扈。第二年明神宗竟把張居正的官爵全部撤掉：后來還派人查抄了張居正的家。張家子孫十幾人，被關在屋子里活活餓死。大兒子被拷打后自殺。張居正的改革措施，當然也遭到破壞，剛剛有一點轉機的明朝政治又走了下坡路。